• مدل‌سازی ریاضی شبکه‌های بیوشیمیایی (متابولیکی، تنظیمی، سیگنالی و ...)

• واکاوی داده‌های امیکس و ادغام داده‌ها (ژنومیکس، ترانسکریپتومیکس، پروتئومیکس، متابولومیکس و ...)

• استفاده از رویکرد سامانه‌ها و بررسی برهم‌کنش‌های اجزاء زیستی

• مهندسی متابولیک، ویرایش ژنوم، زیست شناسی مصنوعی (Synthetic Biology) و طراحی مدارهای زیستی

• مدل‌سازی چندمقیاسه و بررسی برهم‌کنش‌های بین سلولی

• کاربرد زیست‌شناسی سامانه‌ها در صنعت و پزشکی